『蒼穹のファフナー』から一年前、人類軍とフェストゥムの両方から追われ身を隠してきた竜宮島は、フェストゥムに探知される危機を迎えていた。
未だ戦闘準備の整わない竜宮島は、ついに「L計画」という危機回避プランを実行に移すことを決定する。
それは、島の一部・アルヴィス左翼部L区画を切り離して囮とし、本島へのフェストゥムによる探知をかわすという陽動作戦だった。
将陵僚はずっと想いを寄せ、まだ島の真実を知らない幼なじみの生駒裕未と穏やかに暮らす中で計画参加を決めていた。
そんなある日、祐未の父生駒正幸が病で動く事も喋ることも出来ないにも拘わらず庭に倒れていた。
「アルヴィスへ…」と言い残す息を引き取る父を看取った祐未は葬儀の後ある計画書を発見する。
それはL計画の計画書であった。
同時に祐未はメモリージングにより島の真実を知り、僚や総士もそれに拘わっていたことを知らされる。
そして、父が立案した計画への参加を決意する。
僚もまた愛犬のプクを蔵前に預け、8人の少年少女達は、対フェストゥム兵器ファフナー「ティターン・モデル」のパイロットとして過酷な戦いに身を投じることとなる。